Shinichi Kudo e' un brillante liceale abilissimo nel risolvere qualunque enigma o caso di omicidio, anche il piu' complesso. Un giorno viene catturato da dei misteriosi uomini in nero e viene costretto a bere una strana medicina che lo trasforma in un bambino delle elementari... Da quel momento diverra' Conan, il piccolo detective piu' famoso del Giappone!
A Londra Ran aveva perso l'occasione di rispondere alla dichiarazione d'amore di Shinichi. La gita scolastica a Kyoto sara' il momento giusto' Ma come al solito, il nostro eroico detective dovra' dividersi tra sentimenti sinceri e identita' segrete, senza dimenticare di risolvere i difficili casi che si trova davanti...